События игры разворачиваются через два года после событий фильма Ведьма из Блэр: Курсовая с того света, в 1996 году. Маленький мальчик пропадает без вести в лесу Блэк Хиллз в городе Беркитсвиль, штат Мэриленд. Главный герой Эллис Линч, бывший полицейский с тяжёлым прошлым, подключается к поискам ребёнка. Обычное расследование быстро превращается в бесконечный кошмар, ведь герою приходится противостоять ведьме из Блэр — тёмной силе, поселившейся в лесу.