Сюжет разворачивается через шесть месяцев после Batman Arkham Origins. Готэм погружается в хаос из-за секты Крысиного Короля, чьи последователи мечтают свергнуть богачей и создать новый порядок. Бэтмену предстоит раскрыть личность лидера секты и вернуть порядок в город.