Сюжет дополнения Assassin's Creed Shadows: Claws of Awaji продолжает концовку основной игры. После завершения основной сюжетной линии в убежище к главным героям приходит помощница Хаттори Хандзо и сообщает о зацепке о нахождении матери Наоэ и последней императорской регалии.