Действие игры METAL GEAR SOLID: SNAKE EATER разворачивается в 1964 году, в разгар Холодной войны. Игрок управляет спецагентом Нейкид Снейком (будущий Биг Босс), которому поручено проникнуть в советские джунгли, чтобы спасти ученого и уничтожить новое супероружие.