Сюжет История происходит спустя год после событий Yakuza Kiwami. Главный герой, якудза в отставке Кадзума Кирю, воспитывает названную дочь Харуку вдалеке от криминальных распрей. Но прошлое его не отпускает: в один день к нему наведывается старый знакомый Юкио Тэрада и прямо на глазах у Кирю гибнет от рук киллеров. Кирю втянут в противостояние двух преступных кланов, войну которых ему предстоит предотвратить. Попутно он узнаёт тайны прошлого и раскрывает несколько заговоров.