События игры разворачиваются в эпоху 1960-х годов, период Холодной войны, когда враждующие страны вступают в гонку вооружений и разрабатывают опасное оружие массового поражения. Мир оказывается на пороге крупнейшей мировой войны, и элитный боец, известный как Снейк, отправляется на миссию в лесные заросли. Его задача — проникнуть в расположение противника, используя свои навыки выживания и скрытности, чтобы предотвратить развязывание войны.