события происходят в 2029 году, через 2 года после событий Deus Ex: Human Revolution. Общество раскололось на «чистых» людей и «аугментированных», которые с помощью имплантатов и протезов обрели фантастические способности, но были отвергнуты, лишены прав и загнаны в гетто.