ФЦК МФТИ был основан в 2014 году по инициативе активных выпускников университета. За десять лет он стал одним из крупнейших университетских эндаументов в России, в котором создано 14 целевых капиталов и собрано более 1 миллиарда рублей. На протяжении десятилетия ФЦК МФТИ поддерживает широкий спектр проектов, направленных на развитие науки и образования в институте. Одним из приоритетных направлений стало создание именных стипендий, поддержка преподавателей, развитие инфраструктуры для студентов, а также грантовая поддержка научных исследований.