Time Diver: Eon Man состояла из пяти уровней, действие которых происходило в разные периоды времени. Среди них: вступительный «Мирный» (1993), «Дикий Запад» (1882), «Разрушенный» (2052), «Разрушенный» (1993) и версия 2052 года «Мирная утопия». Необычной для того времени особенностью был случайный порядок прохождения этапов, за исключением первого уровня, что позволяло вносить некоторые изменения при многократном прохождении игры.