Главный герой, он же Секиро, ещё будучи ребёнком был усыновлён отважным воином, который обучил его боевым искусствам синоби. Позже тот вырос и получил от своего отца ключевое задание — оберегать наследника престола. Из сюжета становится известно, что этот самый наследник — юный мальчишка, которого взял в плен враждебный клан с целью провести над ним какой-то ритуал. У мальчика редкий дар, дающий ему полное бессмертие. Лидер клана желает заполучить эту способность, дабы победить своих врагов и захватить власть. Однако Секиро вынужден вызволить своего хозяина и помешать планам его врагов.