История игры разворачивается в Древнем Египте, в период XII династии (1297-1213 г. до н.э.) и рассказывает о происхождении братства ассасинов. Игроку предстоит управлять байеком из Сивы, меджаем (следящим) и воином, который находится на миссии отомстить за свою семью и проявить лояльность к фараону.