«Удар в джунглях» представлены два антагониста: Ибн Килбаба, сын антагониста «Удара в пустыне» и Карлос Ортега, печально известный южноамериканский наркобарон. В начале фильма двое мужчин наблюдают за ядерным взрывом на необитаемом острове, обсуждая доставку «ядерных ресурсов» и нападение на Вашингтон. Килбаба хочет отомстить за смерть своего отца от рук США, а Ортега — «научить янки держаться подальше от моего наркобизнеса». Игрок берет под контроль пилота "одинокого спецназа". На первом уровне игры главный герой отражает террористические атаки на Вашингтон, округ Колумбия, в том числе на президентский лимузин. На последующих уровнях игрок контратакует силы наркобарона, продвигаясь к его «крепости в джунглях». На предпоследнем уровне игрок преследует Килбабу и Ортегу до их убежищ, а затем захватывает их. Действие финального уровня снова происходит в Вашингтоне, округ Колумбия, где два антагониста пытаются сбежать после побега из тюрьмы. Игрок должен уничтожить и Килбабу, и Ортегу, а также не дать четырем грузовикам с ядерными бомбами взорвать Белый дом. Версия для ПК также расширяет сюжетную линию за счет дополнительного уровня на Аляске, где игроку предстоит уничтожить остатки сил Ортеги под командованием русского перебежчика по фамилии Птофски, который захватил нефтяные танкеры и угрожает уничтожить экосистему с помощью сырой нефти, если его требования не будут выполнены. После прохождения всех уровней начинается финальная сцена, в которой главный герой и его напарник едут в машине с открытым верхом мимо ликующей толпы.