Сценарий игры сконцентрирован вокруг Ордена древних, представители которого управляют фараоном Птолемеем XIII и угнетают народ Египта, пустив корни во всех крупных регионах страны. Байеку, который руководствуется и личными мотивами, предстоит уничтожить орден.