Станица Должанская расположена в 40 км к западу от города Ейск, на северо-западном окончании Ейского полуострова, у основания песчаной косы Долгой. Побережье станицы омывается с северо-востока водами Таганрогского залива, а с юго-запада — открытого Азовского моря. В нескольких километрах от окончания Долгой косы расположена группа островов.