Как и во многих файтингах того времени, таких как Street Fighter II (1991), в Eternal Champions есть шесть кнопок атаки, включающих три удара руками и три удара ногами. Игра оптимизирована для использования с шестикнопочными контроллерами или Sega Activator, а игрокам, использующим стандартный контроллер Genesis, на котором всего три кнопки действий, во время игры нужно нажимать кнопку старта, чтобы переключать кнопки действий между ударами руками и ногами. Джойстик или D-pad используется для перемещения, прыжков и приседаний.